脑研究热点数据库简介（BRHD）
数据库背景
脑科学是一个新兴的动态多学科基础研究前沿，产生了大量有价值的数据，但这些数据的利用仍然存在一些障碍，如碎片化、异质性、可用性和数据的不同注释等必须克服。 为了构建一个没有这些障碍提供资源的社区，我们开发了大脑研究热点数据库（BRHD）。
数据库首页介绍
研究数据组织
| 组成 | 描述 |
|---|---|
| Study | A study is a container for all data and metadata associated to an experiment designed to assess BRHD model response. |
| Matrices | Matrices used to group models within a study. |
| Matrix Items | Matrix items are the generic term for an individual BRHD model. |
| Assay Images & Videos | Images and videos are attached to a matrix item and displayed within a study. |
数据来源
| 序号 | 数据来源 | 外部链接 | 描述 |
|---|---|---|---|
| 1 | Pubmed | https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ | PubMed® comprises more than 30 million citations for biomedical literature from MEDLINE, life science journals, and online books. Citations may include links to full-text content from PubMed Central and publisher web sites. |
| 2 | Web of Science Core Collection | https://www.webofscience.com/wos/woscc/basic-search | Search the world’s leading scholarly journals, books, and proceedings in the sciences, social sciences, and arts and humanities and navigate the full citation network. |
| 3 | Derwent Innovations Index | https://www.webofscience.com/wos/diidw/basic-search | Combines unique value-added patent information indexed from over 50 patent issuing authorities in the Derwent World Patent Index (1963-present) with patent citations indexed from the Derwent Patents Citation Index (1973-present). |
| 4 | Free Patents Online(FPO) | https://www.freepatentsonline.com/ | Free Patents Online is a powerful patent application and search website in the United States, providing search and download of US patents and patent applications, some European patents, Japanese patents and WIPO (World Intellectual Property Organization) patents. |
| 5 | Array Express | https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ | ArrayExpress Archive of Functional Genomics Data stores data from high-throughput functional genomics experiments, and provides these data for reuse to the research community. |
| 6 | Gene Expression Omnibus (GEO) | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ | GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Array- and sequence-based data are accepted. Tools are provided to help users query and download experiments and curated gene expression profiles. |
| 7 | Cell Marker | http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/ | By manually curating over 100,000 published papers, 4,124 entries including the cell marker information, tissue type, cell type, cancer information and source, were recorded. At last, 13,605 cell markers of 467cell types in 158 human tissues/sub-tissues and 9,148 cell makers of 389 cell types in 81 mouse tissues/sub-tissues were collected and deposited in CellMarker. CellMarker provides a user-friendly interface for browsing, searching and downloading markers of diverse cell types of different tissues. Furthermore, a summarized marker prevalence in each cell type is graphically and intuitively presented through a vivid statistical graph. |
| 8 | Online Mendelian Inheritance in Man（OMIM) | https://omim.org/ | OMIM is a comprehensive, authoritative compendium of human genes and genetic phenotypes that is freely available and updated daily. The full-text, referenced overviews in OMIM contain information on all known mendelian disorders and over 16,000 genes. OMIM focuses on the relationship between phenotype and genotype. It is updated daily, and the entries contain copious links to other genetics resources. |
| 9 | Malacards | https://www.malacards.org/ | MalaCards is an integrated database of human maladies and their annotations, modeled on the architecture and richness of the popular GeneCards database of human genes. |
数据库特点
脑研究热点数据库（BRHD）的介绍
BRHD整合多种脑科学数据资源，提供免费共享、可访问的查看和下载环境，并基于这些数据开发原创功能，为脑研究提供参考和见解。
特色资源
疾病基因组网络技术
疾病基因组网络是一种工具，用于显示和搜索与脑部疾病相关的基因和变异，并将它们可视化以形成脑部疾病与基因之间的关联网络。
在搜索界面中，用户选择搜索类型（1），输入搜索关键词，或点击“示例”（2）得到示例展示。
这里会显示初步检索结果（1），以及检索结果的数量统计和提供与之相关的关系模型可供选择（2）.
这里提供脑疾病基因网络图，可点击“查看更多”看到原图（1），以及脑疾病和基因的关系（2），以及支持这些关系的文献信息（3).
在搜索界面中，用户选择搜索类型（1），输入搜索关键词，或点击“示例”（2）得到示例展示。
这里会显示初步检索结果（1），以及检索结果的数量统计和提供与之相关的关系模型可供选择（2）.
这里提供脑疾病基因网络图，可点击“查看更多”看到原图（1），以及脑疾病和基因的关系（2），以及支持这些关系的文献信息（3).
3D脑结构搜索
3D脑结构研究，结合高精度脑解剖模型和器官芯片数据库的快速导航。
这是初始界面，您可以点击大脑的图片(1)进行下一步。 如果是第一次使用，需要点击“仿真助手下载”(2)安装插件。
这里提供一个高精度 3D大脑模型（1），用户可以通过鼠标对脑模型进行旋转、放大、缩小等操作进行浏览。 左上角可以输入关键词搜索对应大脑部位（2）。左下方是对该脑区域的注释（3）。最下方是浏览设置（4），用户可以根据需要进行调整。点击左边标签可以链接到该脑部位对应的器官芯片数据库资源（5）。
这里是点击大脑部位标签后器官芯片数据库信息的界面，可以了解到与该大脑区域相关的最新论文信息（2），可以根据文献类型标签进行筛选（1) ,以及论文作者相互引用图“Hot Map”（3）。
这是初始界面，您可以点击大脑的图片(1)进行下一步。 如果是第一次使用，需要点击“仿真助手下载”(2)安装插件。
这里提供一个高精度 3D大脑模型（1），用户可以通过鼠标对脑模型进行旋转、放大、缩小等操作进行浏览。 左上角可以输入关键词搜索对应大脑部位（2）。左下方是对该脑区域的注释（3）。最下方是浏览设置（4），用户可以根据需要进行调整。点击左边标签可以链接到该脑部位对应的器官芯片数据库资源（5）。
这里是点击大脑部位标签后器官芯片数据库信息的界面，可以了解到与该大脑区域相关的最新论文信息（2），可以根据文献类型标签进行筛选（1) ,以及论文作者相互引用图“Hot Map”（3）。
脑和肠道微生物学
脑与肠道微生物组，本部分收集了文献报道的与脑相关的肠道微生物学信息，并添加了原始注释以供参考。
这是搜索和浏览界面，可以提供关键词搜索和例子展示（1），下方是我们收集整理的脑疾病与微生物关系（2），左上可以下载原始数据（3），可以点击“细节”获取更多信息（4）。
这是脑与微生物详情界面，提供支持这些联系的实验信息（1）和文献信息（2），用户可以点击PMID链接到原始文献。
这是搜索和浏览界面，可以提供关键词搜索和例子展示（1），下方是我们收集整理的脑疾病与微生物关系（2），左上可以下载原始数据（3），可以点击“细节”获取更多信息（4）。
这是脑与微生物详情界面，提供支持这些联系的实验信息（1）和文献信息（2），用户可以点击PMID链接到原始文献。
热门资源
研究前沿
研究前沿，收录近十年来在Science网上公开的423681篇脑科学文章，包括标题、作者、摘要、出版信息和全文链接等基本信息。
这里研究前沿的文献和统计（1）。用户可按文件类型和年份进行筛选（2），并可按关键字进行搜索（3）。
这里提供了论文的详细信息，用户可以点击“Pubmed”直接链接到原始论文。
这里研究前沿的文献和统计（1）。用户可按文件类型和年份进行筛选（2），并可按关键字进行搜索（3）。
这里提供了论文的详细信息，用户可以点击“Pubmed”直接链接到原始论文。
脑计划
脑计划，包含主要国家已经提出并实施的脑科学项目信息，包括美国、欧盟、日本、澳大利亚、加拿大和韩国等六个国家或地区的大脑项目，以及 蓝脑计划等七个著名的脑科学项目。
这里提供了已经公布的全球各个国家（1）的大型大脑研究项目的详细信息（2）、主要负责人（3）、和时间线信息（4）。 用户可以点击时间线右上方的大脑项目缩写链接到脑计划的官网（5）。
这里提供了已经公布的全球各个国家（1）的大型大脑研究项目的详细信息（2）、主要负责人（3）、和时间线信息（4）。 用户可以点击时间线右上方的大脑项目缩写链接到脑计划的官网（5）。
科学家
科学家，基于近十年10122篇脑科学高被引论文（高被引论文：高被引论文是指最近十年被引频率前1%的论文）从Web of Science中收集。
这是高被引文献合作发表作者图（1），用户可以点击图片以浏览原图，以及与图中对应的科学家信息（2）。
这里提供科学家的各种相关信息。
这是高被引文献合作发表作者图（1），用户可以点击图片以浏览原图，以及与图中对应的科学家信息（2）。
这里提供科学家的各种相关信息。
转录组分析
转录组分析。 该数据库包括近十年来来自Array Express数据库的3416条转录组数据和来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的6169条转录组数据，为用户分析转录组提供了便利。
这里提供转录组数据和统计（1），用户可以根据数据来源（2）、实验类型和物种筛选数据（3）和进行关键字搜索（4）。
这是转录组数据的详细界面，提供各种实验和数据信息，并提供原始数据下载。
这里提供转录组数据和统计（1），用户可以根据数据来源（2）、实验类型和物种筛选数据（3）和进行关键字搜索（4）。
这是转录组数据的详细界面，提供各种实验和数据信息，并提供原始数据下载。
专利
专利数据库包含46,344项与脑科学相关的发明专利，并提供专利详情和全文链接。 这些专利通过系统关键字从 Dewent Innovations Index 数据库中获取专利号，然后使用收集到的专利号在 Free Patents Online 数据库中对专利详情进行查询和排序。
这里提供脑科学专利和统计（1），用户可以根据实验类型进行筛选（2），根据关键词进行搜索（3）。
这里提供有关专利的各种详细信息。
这里提供脑科学专利和统计（1），用户可以根据实验类型进行筛选（2），根据关键词进行搜索（3）。
这里提供有关专利的各种详细信息。
细胞标志物
细胞标志物数据库包含124例人脑细胞标记和137例小鼠脑细胞标记信息。 用户可以按物种类型、组织类型和细胞类型进行选择，系统会显示相关的细胞标记和支持该记录的文献信息。
这部分用户可以根据物种类型、组织类型、细胞类型进行选择，下方会显示选中细胞的细胞标记。
本节将提供支持细胞标志物结论的论文信息。
这部分用户可以根据物种类型、组织类型、细胞类型进行选择，下方会显示选中细胞的细胞标记。
本节将提供支持细胞标志物结论的论文信息。
数据源涉及的知识产权
综合报告
我们数据库的数据来源主要是主要的开源研究数据库。数据按照原始数据库规定进行下载和挖掘，并在显眼位置统一标注出处和原网址链接。我们数据库的非本地内容仅显示摘要等相关信息，而不是全文，并提供原始来源和链接的信息。
研究前沿数据库
我们使用汇总的关键词组在 Web of science 核心合集（https://www.webofscience.com/wos/alldb/basic-search）中进行布尔逻辑搜索，获取检索到的 PubMed ID 信息，然后使用爬虫用PubMed ID爬取PubMed（https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/）上的相关信息并整理。
科学家数据库
根据文献检索的结果，我们利用Citespace按照一定的标准分析获取脑科学研究最热门科学家的开放信息，然后利用这些信息手动获取各官方网站公开的科学家信息。并进行组织。
脑计划数据库
我们通过文献对全球已确认启动的大型脑科学项目的信息进行汇总，然后在这些脑科学项目的官网手动获取公开信息，并引用原始来源。
转录组分析数据库
我们使用使用总结的关键词组利用爬虫使用关键词组在 Gene Expression Omnibus数据库 (GEO, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) 和 Arrayexpress数据库 (https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/) 获取各种转录组数据.uk/arrayexpress/) 并编译它们。
专利数据库
我们使用总结的关键词组在 Derwent Innovations Index 数据库（https://www.webofscience.com/wos/alldb/basic-search）中检索专利号，然后使用获取的专利号信息使用爬虫在免费专利在线 (https://www.freepatentsonline.com/) 中收集专利的详细信息。
细胞标记物数据库
这部分数据主要来自细胞标记物数据库（http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.jsp）并结合文献总结的数据。
疾病基因组网络
我们使用总结的关键词组手动从在线孟德尔遗传数据库（OMIM，https://omim.org/）和 Malacards 数据库（https:// /www.malacards.org/)获取数据，然后整合它们并使用 Cytoscape 软件对其进行可视化和分析。
脑和肠道微生物组
我们使用总结的关键词组在 PubMed (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/) 上搜索和下载关于脑和肠道微生物组的原始研究文献，并手动审查和注释形成。
3D脑结构研究
建立高精度3D脑解剖模型，链接到合作数据库器官芯片数据库（http://www.organchip.cn/），形成脑解剖区域相关的最新研究器官芯片。
数据管理政策
隐私和安全政策
| 声明 | 除非执法或法规要求，否则 BRHD 不会披露、提供、出售或转让有关我们访客的任何个人信息。 |
| 个人身份信息 (PII) | BRHD 希望创建一个有助于科学研究的无障碍交流社区。当您访问 BRHD 网站时，我们不会收集有关您的任何个人身份信息 (PII)，除非您选择明确提供给我们。我们在用户注册网站帐户时收集一些信息，例如电子邮件地址或工作机构类型，以帮助我们更好地了解用户如何使用网站以及如何提高网站性能以使其更有帮助。 BRHD 不会为商业营销或与 BRHD 初衷无关的任何目的收集信息。 |
| BRHD 收集什么类型的信息 | 我们不会从访问者那里收集任何类型的信息。 |
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| 版权状况 | BRHD Web 服务器上的文件和文件可以免费下载和复制。与传统媒体存储库不同，BRHD 共享是免费的。任何人都可以自由复制、使用这里的任何文档，只要遵守作者指定的条款即可；这通常意味着正确归属来源和作者，并以同样的自由向其他人发布副本/改进。每个媒体文件的许可条件都可以在其描述页面上找到。大脑研究热点数据库 (BRHD) 本身和其中的文本已根据知识共享署名/相同方式共享许可 (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/) 获得许可。 |
免责申明
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| 医疗信息 | BRHD 的目的不是提供具体的医疗建议，而是为用户提供信息以更好地了解健康和疾病。将不提供具体的医疗建议，BRHD 敦促您咨询合格的健康专家进行诊断并回答您的个人医疗问题。 |
上传数据
步骤 1
用户根据他们要上传的数据类型进行选择。 主要有两种类型的数据：文献和专利。
步骤 2
根据选择的数据类型，填写不同的信息并上传相应的文件。 论文信息需要填写这些内容，出版期刊，出版日期，标题，作者，部门，摘要。 专利信息需要填写这些内容，申请号，申请日期，国家，受让人，标题，发明人。
步骤 3
等待网站审核结果，审核结果会以邮件形式发送至账户邮箱。
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